Наш сюжет начинается в третьем Мире, через пять лет после окончания аниме.

Итак, после смерти Дэуса из Третьего мира его приемником стал Юкитэру, провозглашенный теперь Богом Третьего мира. Вступив на свой пост, он исправно принялся за свою работу, также наблюдая за жизнью всех своих друзей из Второго мира, спокойно живших здесь, в Третьем мире, своей жизнью, даже не подозревая об Игре на выживание. Однако всё это наводило скуку: Муру Муру почти нечем себя занять, ведь у неё не было никаких обязанностей, а Юкитэру рутинная работа стала вскоре надоедать. Нужно было что-то делать, и вот были вновь сотворены Дневники Будущего.
Всего Юкитэру создал тринадцать Дневников – на один больше, чем в предыдущих играх. Правила остались те же – убивай, если не хочешь быть убитым, ведь выживет только один. Однако награда за победу всё же изменилась: вместо места Бога полагалось исполнение одного самого заветного желания. Довольно занятно, не правда ли? Были отобраны тринадцать человек, которые получили свои уникальные Дневники будущего и игра началась. Теперь все Владельцы изменились, поэтому Юкитэру, оставивший себе свой Дневник, не был уверен в том, что Третья игра будет похожа на остальные две, и тем более нельзя было сказать, какие последствия понесут за собой новые Владельцы, но наш юный Бог все же запустил вихрь событий. Все владельцы – неизвестные друг другу личности, их знают в лицо и по имени только Юкитэру и Муру Муру, причем до сих пор неизвестно, как наша коварная героиня смогла убедить нового Бога вновь начать Игру на выживание, ведь было очевидно, что Юкитэру больше не желает смерти людей.
Муру Муру, впрочем, каким милым воплощением зла была, таким и осталась, это вне всяких сомнений. Как только Юкитэру дал игре старт, она затеяла свою, коварную игру: создала некую организацию с названием «Мёртвые Записи», конечно, втайне от Бога. Название говорит само за себя: люди из этой «шайки» должны найти и убить Владельцев дневников, коих и так немного. Зачем ей это? Но так ведь интереснее, не правда ли?

И чем же теперь закончится Третья игра? И кому достанется право на исполнение желания? Всё это узнать по силам лишь тебе!